A PrEP é altamente eficaz quando utilizada corretamente, porém correlação linear entre níveis de adesão e eficácia foi demonstrada em ensaios clínicos envolvendo somente alguns segmentos populacionais, como homens que fazem sexo com homens e mulheres trans.

Pessoas em parceria sorodiscordante para o HIV não são consideradas prioritárias para uso da PrEP, pois as evidências científicas já indicam a baixa transmissibilidade de HIV por via sexual quando uma pessoa HIV positiva está sob Terapia Antirretroviral (TARV) há mais de seis meses, apresenta carga viral indetectável e não tem nenhuma outra IST.

O simples pertencimento a um grupo de risco para HIV não é suficiente para caracterizar indivíduos com exposição frequente ao HIV. Para essa caracterização, é necessário observar as práticas sexuais, as parcerias sexuais e os contextos específicos associados a um maior risco de infecção.

Para a indicação do uso de PrEP, ao contrário da PEP, deve-se excluir o diagnóstico prévio da infecção pelo HIV, uma vez que a introdução da PrEP em quem já está́ infectado pode ocasionar a seleção de cepas resistentes.

Pessoas com exposição de risco recente, sobretudo nos últimos 30 dias, devem ser orientadas quanto à possibilidade de infecção, mesmo com resultado não reagente nos testes realizados. Em tais situações pode-se indicar a PrEP até que seja confirmada a infecção pelo HIV.