O quadro clínico da coqueluche é dividido em três fases. A fase descrita abaixo é denominada:
Fase inicial, caracterizada por queixas inespecíficas, durando de 1 a 2 semanas. A febre costuma ser baixa, e os sinais e sintomas nasais são similares àqueles observados em muitas infecções virais do trato respiratório superior, o que, muitas vezes, leva ao atraso na identificação da doença.