A qualificação como Agência Executiva deve ser dada por meio de decreto do Presidente da República.

O Poder Executivo deve estabelecer medidas de organização administrativa específicas para as Agências Executivas, com o objetivo de assegurar a sua autonomia de gestão, bem como as condições orçamentárias e financeiras para o cumprimento dos contratos de gestão.

As autarquias, as empresas públicas e as organizações sociais podem ser qualificadas como Agências Executivas.

A qualificação de agências executivas se dá por meio de requerimento dos órgãos e das entidades que prestam atividades exclusivas do Estado e se candidatam à qualificação.