Dentre essas leis destacam-se as que regulamentaram: a extinção do INAMPS e a criação do Sistema Nacional de Auditoria; a definição do Sistema Nacional de Vigilância Sanitária e a criação da Agência Nacional de Vigilância Sanitária; o estabelecimento do medicamento genérico; a criação do Subsistema de Saúde Indígena; a criação da Agência Nacional de Saúde Suplementar.

O ordenamento jurídico do sistema é complementado pelas legislações estaduais e municipais que regulamentam, em cada instância, a criação ou adaptação de órgãos, previstas na legislação federal, como os fundos e os conselhos de saúde, bem como a normalização complementar sobre o funcionamento do SUS no âmbito municipal ou estadual.

Os fundamentos legais do SUS estão explicitados no texto da Constituição Federal, de 1988, nas constituições estaduais e nas leis orgânicas dos municípios que incorporaram e detalharam os princípios da Lei Magna do País.

A regulamentação foi feita pelas Leis Federais nº 8.080 e nº 8.142 (ambas sancionadas em 1960), que detalham a organização e o funcionamento do sistema, e por sucessivas leis, que desde então, têm ampliado o arcabouço jurídico nacional relativo à saúde.

A operacionalização do sistema também se orienta pelas resoluções dos conselhos de saúde, nas três esferas de governo, e das normas operacionais (NOBs e Noas) editadas pelo Ministério da Saúde (M S) com base nos acordos estabelecidos na negociação tripartite, entre os gestores municipais, estaduais e federal.