O repasse dos recursos locais e da União, como determina a Lei nº 8.080, de 1900, apenas se realiza por depósito em contas especialmente criadas para esse fim, com CNPJ próprio, conhecidas como Fundos de Saúde. São essas contas, administradas pelas Secretarias de Saúde, que deverão ter sua movimentação fiscalizada pelos Conselhos de Saúde.