Apesar de a mucosa do reto ser igual a dos demais seguimentos no cólon, ele difere do restante do órgão por possuir as pregas verticais do reto.

O canal anal é dividido em três zonas, de acordo com a artéria que irriga cada uma dessas zonas.

A zona colorretal está no terço superior do canal anal e é formada por epitélio colunar simples, assim como as outras porções do cólon.

A zona de transição anal, encontramos a transição do epitélio colunas simples para o epitélio pseudoestratificado pavimentoso.

A zona pavimentosa é revestida pelo epitélio pseudoestratificado pavimentoso e é continuo com o da pele perianal.