O diagnóstico da sífilis latente é baseado na história clínica do indivíduo e na combinação de resultados dos testes. Pacientes assintomáticos sem história pregressa de sífilis que apresentem resultado reagente em qualquer teste imunológico deverão ser tratados.

Na sífilis primária, a manifestação característica é o cancro duro não acompanhado de linfadenomegalia regional, e o diagnóstico laboratorial pode ser realizado pela pesquisa direta do treponema pallidum por microscopia de campo escuro, pelos métodos de coloração ou pela imunofluorescência direta, em amostras da lesão e/ou material de biópsia.

Após o tratamento da sífilis secundária, os testes treponêmicos, na grande maioria dos casos, permanecem reagentes por toda a vida do usuário, e os testes não treponêmicos podem ter comportamento variável. Em alguns indivíduos tornam-se não reagentes, e em outros permanecem indefinidamente reagentes em altos títulos.

Caracteriza-se como sífilis congênita precoce aquela que se manifesta antes dos quatro primeiros anos de vida.