O Conselho Federal de Medicina (CFM) determina que a morte encefálica se dividida em três fases: fase preparatória, fase de exame e fase de exame documental, além de ser feita em caráter de urgência.

Para o diagnóstico adequado de morte encefálica, o paciente não deve estar em hipotermia profunda, visto que prejudica a realização do exame neurológico. Assim, recomenda-se o aquecimento do paciente em até 35° C.

Na procura da causa mortis é mandatário que sejam excluídos fatores de confusão e de diagnóstico diferencial, assim, causas reversíveis de coma devem ser afastadas, em especial os distúrbios metabólicos.

A cintilografia cerebral documenta ausência de enchimento das artérias intracranianas na entrada do crânio, em virtude da pressão sistólica não ser elevada o suficiente para forçar o sangue através da árvore vascular intracraniana.