Os testes moleculares caracterizam-se pela amplificação do RNA do Covid-19 a partir de espécimes biológicos coletados de Nasofaringe e orofaringe. O momento ideal de coleta situa-se entre o 4º e 8º dia do início dos sintomas. Pela sua alta sensibilidade e especificidade, esses testes têm sido utilizados como "Padrão Ouro" (a melhor escolha), para diagnóstico de infecção na fase aguda. Um novo Teste Rápido para Covid-19 está sendo testado em comparação com o RT-PCR. Em uma amostra de 500 pessoas, o RT-PCR deu positivo em 100 e negativo em 400. Naquelas pessoas em que o RT-PCR deu positivo, o novo teste deu positivo em 80, e naqueles que o RT-PCR deu negativo, o novo Teste Rápido deu 300 negativos.