A colectomia total com ileorretoanastomose representa a melhor opção cirúrgica em doentes com menos de 40 anos, pois evita eventuais disfunções genitourinárias, relacionadas à dissecção do reto.

Na decisão operatória, devem ser considerados fatores como idade, presença de câncer colorretal, possibilidade de gravidez futura e densidade dos pólipos adenomatosos localizados no reto.

O genótipo da doença não deve interferir na decisão cirúrgica, pois se encontra relacionado apenas aos riscos de manifestações extracolônicas.

Desde o advento da bolsa ileal, a proctocolectomia total com ileostomia terminal definitiva não é mais considerada como alternativa cirúrgica.