No Brasil, as medicações mais usadas são a oxamniquina e praziquantel, sendo esta última utilizada pelo SUS.

A oxamniquina só é ativa contra a esquistossomose mansônica, não atuando em outras espécies de Schistosoma.

O praziquantel é ativo contra todas as espécies de Schistosoma que parasitam o homem.

O tratamento clínico só deve ser feito nos pacientes sintomáticos, que provavelmente vão se afastar das áreas infectantes, e, sendo assim, não se reinfectarão.

Algumas linhagens de S. mansoni apresentam menor suscetibilidade ou até resistência à oxamniquina e, com menor frequência, ao praziquantel.