O tratamento clínico está associado à redução dos focos de endometriose e do tamanho dos endometriomas.

Os anticoncepcionais combinados não são uma boa opção terapêutica, pois podem aumentar o volume de focos de endometriose.

O tratamento definitivo para os sintomas da endometriose deve incluir a histerectomia.

No caso de endometriomas, o tratamento cirúrgico de escolha é a ooforoplastia, com remoção da cápsula do cisto.

Quando há acometimento do intestino, a retossigmoidectomia é a cirurgia de escolha.